อินเด็กเซอร์ อินเด็กเซอร์จะรับข้อมูลจากสไปเดอร์มาทำดัชนี เทคนิคการทำดัชนีมักใช้การจัดเก็บแบบแฮชชิง เพื่อที่ช่วยให้ค้นหาข้อมูลได้สามารถค้นหาได้อย่างรวดเร็ว ขั้นตอนการทำงานของอินเด็กเซอร์แบ่งออกได้เป็น 3 ขั้นตอนหลักดังรูปที่ 2 คือ กรองคำด้วยฟิลเตอร์ เนื่องจากไฟล์ที่ทำดัชนีอาจไม่เป็น HTML หรือไฟล์แอสกี ดังนั้นฟิลเตอร์จะตรวจสอบไฟล์ที่ได้ว่าเป็นไฟล์ชนิดใดสามารถนำมาทำดัชนีได้หรือไม่ ถ้าได้ก็จะส่งต่อสู่ภาคการแยกคำต่อไป เสิร์ชเอ็นจินบางตัวสามารถ ทำดัชนีไฟล์อื่นๆนอกเหนือจากไฟล์ HTML ได้ด้วยเช่น Index Server ของไมโครซอฟต์สามารถทำดัชนีคำของแฟ้มเวิร์ดหรือเอกเซลได้ แยกคำ ขั้นตอนนี้จะรับสายอักขระมาจากฟิลเตอร์ แล้วตัดแบ่งสายอักขระนั้นๆออกเป็นคำๆ และเพื่อตรวจสอบต่อไปว่าควรจะนำคำนั้นมาทำดัชนีหรือไม่ จัดทำดัชนี ขั้นตอนนี้จะทำหน้าที่ตรวจสอบคำศัพท์แต่ละคำที่ได้มาจากการแยกคำ แล้วพิจารณาว่าคำศัพท์คำนั้นสมควรที่จะนำมาทำดัชนีหรือไม่ เช่นคัดทิ้งคำบางคำที่ไม่ได้ใขฃช้ประโยชน์ในการค้นหา เช่น a, an, the, you หรือ of เป็นต้น เสิร์ชเอ็นจินบางตัวสามารถกำหนดได้ว่าจะทำดัชนี กับคำศัพท์เหล่านี้ไว้หรือไม่
